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指定券の場合は、当然ながら、チケットを渡したお客様が来場しないとその席は必ず空席になりますから、歩留まり（チケットを渡したお客様が来場される率）を上げる努力が伴わなければなりません。率直に申し上げれば、一定の知名度と人気が無ければ歩留まりは期待できません。しかしながら一朝一夕に歩留まりが上がるということは無いので、歩留まりを期待できないのであれば、指定席にする冒険は控えたほうが無難だと思います。
また、指定席であればホールのキャパシティを超えた発券ができないので、チケットを負担する団員にとってチケット１枚あたりの単価が上がることになります。ある程度マージンをつけて渡せればよいのですが、カツカツか、あるいは逆ザヤ（渡されたチケットの額面の合計よりも参加費が高くなる）になってしまう可能性もあります。
指定券はチケット作成時のナンバー記入の手間（あるいは外部の業者の力を借りるのであれば費用）もかかりますし、販売済みの席の記録やマーキング等、マネージャーの負担は自由席とは比べ物になりません。
一般のアマチュアであれば全席自由で十分だと思います。
※2021年付記：コロナ禍により指定席での発券がほぼ必須となってしまいました。予算的にも、運営的にも困難が伴います。早く従来のような環境が戻ってくることを祈るばかりです。
※2022年付記：諸規制が緩和され、自由席での開催もほぼ許されるようになりました。ホール側と調整のうえ、よほど知名度のある（チケットの歩留まりが見込める）団でなければ、なるべく自由席での開催をお勧めします。
